Desenvolvidos a partir de matérias primas aceitas na agricultura orgânica, e registradas junto ao Ministério da Agricultura, fornece nutrientes essenciais para o desenvolvimento das plantas, além de levar matéria-orgânica estabilizada para o solo. Este tipo de fertilizante melhora a estrutura do solo, aumenta a biodiversidade microbiana e fornece uma liberação lenta e sustentada de nutrientes.
O fertilizante orgânico é indicado para uma ampla variedade de culturas certificadas dentro do sistema orgânico de produção, como hortaliças, frutas e leguminosas. Deve ser aplicado antes do plantio, misturado ao solo, ou em cobertura ao redor da planta, ou a lanço em área total, durante o ciclo de cultivo.